MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1025rc

Total Repeats: 237

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187136	GA	3	6	1	6	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NT_187136	CTTA	2	8	87	94	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NT_187136	G	6	6	115	120	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
4	NT_187136	AAG	2	6	149	154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NT_187136	GA	3	6	184	189	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NT_187136	ATA	3	9	257	265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NT_187136	GCA	2	6	302	307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NT_187136	ATG	2	6	361	366	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NT_187136	AG	3	6	369	374	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NT_187136	TAG	2	6	381	386	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NT_187136	CAC	2	6	497	502	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NT_187136	CAT	2	6	568	573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NT_187136	A	7	7	674	680	100 %	0 %	0 %	0 %	426202318
14	NT_187136	AAT	3	9	700	708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202318
15	NT_187136	TTTA	2	8	712	719	25 %	75 %	0 %	0 %	426202318
16	NT_187136	CAT	2	6	729	734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202318
17	NT_187136	TAA	2	6	736	741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202318
18	NT_187136	AAG	2	6	855	860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202318
19	NT_187136	GAAA	2	8	906	913	75 %	0 %	25 %	0 %	426202318
20	NT_187136	ATG	4	12	921	932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202318
21	NT_187136	TGA	2	6	1042	1047	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202318
22	NT_187136	TTG	2	6	1065	1070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202318
23	NT_187136	AGGG	2	8	1107	1114	25 %	0 %	75 %	0 %	426202318
24	NT_187136	ATG	2	6	1134	1139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202318
25	NT_187136	TTCTGA	2	12	1141	1152	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	426202318
26	NT_187136	A	6	6	1156	1161	100 %	0 %	0 %	0 %	426202318
27	NT_187136	TTA	2	6	1209	1214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202318
28	NT_187136	CAG	2	6	1224	1229	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202318
29	NT_187136	TAAC	2	8	1321	1328	50 %	25 %	0 %	25 %	426202318
30	NT_187136	AATA	2	8	1334	1341	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NT_187136	AAG	2	6	1346	1351	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NT_187136	TTA	2	6	1352	1357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NT_187136	TTAA	2	8	1367	1374	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NT_187136	TA	3	6	1474	1479	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NT_187136	ATAA	2	8	1508	1515	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NT_187136	TAAT	2	8	1558	1565	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NT_187136	TG	3	6	1585	1590	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NT_187136	GAAA	2	8	1624	1631	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NT_187136	AAT	3	9	1644	1652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NT_187136	ATTT	2	8	1654	1661	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NT_187136	T	7	7	1659	1665	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NT_187136	CAG	2	6	1688	1693	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NT_187136	AGTA	2	8	1743	1750	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NT_187136	A	8	8	1750	1757	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NT_187136	AAG	2	6	1791	1796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NT_187136	GAAA	2	8	1842	1849	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NT_187136	ATA	2	6	1893	1898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NT_187136	AGTT	2	8	1908	1915	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NT_187136	GAAAG	2	10	1996	2005	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NT_187136	ATT	2	6	2006	2011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NT_187136	CTG	2	6	2125	2130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NT_187136	GGT	2	6	2139	2144	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NT_187136	GTT	2	6	2179	2184	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NT_187136	GTT	2	6	2189	2194	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NT_187136	GAA	2	6	2198	2203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NT_187136	ATT	2	6	2216	2221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NT_187136	ATC	2	6	2258	2263	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NT_187136	TTAA	2	8	2355	2362	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NT_187136	CTTAT	2	10	2363	2372	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NT_187136	CTT	2	6	2378	2383	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NT_187136	ATT	2	6	2386	2391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NT_187136	TTAG	2	8	2399	2406	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NT_187136	AG	3	6	2423	2428	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NT_187136	A	7	7	2435	2441	100 %	0 %	0 %	0 %	426202319
65	NT_187136	AAT	2	6	2461	2466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202319
66	NT_187136	TAA	2	6	2467	2472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202319
67	NT_187136	ATT	2	6	2489	2494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202319
68	NT_187136	GTT	2	6	2501	2506	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202319
69	NT_187136	ACA	2	6	2524	2529	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202319
70	NT_187136	AGG	2	6	2557	2562	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
71	NT_187136	TAGG	2	8	2598	2605	25 %	25 %	50 %	0 %	426202319
72	NT_187136	AAG	2	6	2688	2693	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202319
73	NT_187136	AGG	2	6	2695	2700	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
74	NT_187136	TCA	2	6	2795	2800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202319
75	NT_187136	A	6	6	2800	2805	100 %	0 %	0 %	0 %	426202319
76	NT_187136	TGC	2	6	2917	2922	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202319
77	NT_187136	AAC	2	6	2932	2937	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202319
78	NT_187136	AGC	2	6	2938	2943	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
79	NT_187136	TGA	3	9	2944	2952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202319
80	NT_187136	AGC	2	6	2992	2997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
81	NT_187136	CTA	2	6	3033	3038	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202319
82	NT_187136	GGA	2	6	3053	3058	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
83	NT_187136	ATA	2	6	3063	3068	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202319
84	NT_187136	GTG	2	6	3096	3101	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202319
85	NT_187136	CAG	4	12	3108	3119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
86	NT_187136	AGC	3	9	3130	3138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
87	NT_187136	GTG	2	6	3156	3161	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202319
88	NT_187136	GA	3	6	3192	3197	50 %	0 %	50 %	0 %	426202319
89	NT_187136	ATG	2	6	3198	3203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202319
90	NT_187136	AGC	3	9	3211	3219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
91	NT_187136	AGG	2	6	3256	3261	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
92	NT_187136	AGC	3	9	3298	3306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
93	NT_187136	AGG	2	6	3313	3318	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
94	NT_187136	AGC	2	6	3355	3360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
95	NT_187136	AGC	2	6	3364	3369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
96	NT_187136	AGG	2	6	3382	3387	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202319
97	NT_187136	G	6	6	3386	3391	0 %	0 %	100 %	0 %	426202319
98	NT_187136	AAG	2	6	3393	3398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202319
99	NT_187136	AGGAGT	2	12	3403	3414	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	426202319
100	NT_187136	GCA	2	6	3419	3424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202319
101	NT_187136	AGA	2	6	3445	3450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202319
102	NT_187136	AAG	2	6	3458	3463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202319
103	NT_187136	A	6	6	3495	3500	100 %	0 %	0 %	0 %	426202319
104	NT_187136	AAGT	2	8	3541	3548	50 %	25 %	25 %	0 %	426202319
105	NT_187136	TAA	2	6	3561	3566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NT_187136	ATT	2	6	3585	3590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NT_187136	GAA	2	6	3591	3596	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NT_187136	AG	3	6	3617	3622	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NT_187136	AAG	2	6	3662	3667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NT_187136	ATA	2	6	3674	3679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NT_187136	AAT	3	9	3698	3706	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NT_187136	TAA	2	6	3734	3739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NT_187136	GCA	2	6	3840	3845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NT_187136	TGA	2	6	3881	3886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NT_187136	A	6	6	3905	3910	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NT_187136	ATG	2	6	3919	3924	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NT_187136	GGT	2	6	3971	3976	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NT_187136	A	8	8	3997	4004	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NT_187136	AAG	2	6	4089	4094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NT_187136	TGT	2	6	4109	4114	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NT_187136	CTA	2	6	4135	4140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NT_187136	GAT	2	6	4143	4148	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NT_187136	A	7	7	4154	4160	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NT_187136	GAA	2	6	4203	4208	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NT_187136	CAG	2	6	4225	4230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NT_187136	TAAC	2	8	4322	4329	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NT_187136	AATA	2	8	4335	4342	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NT_187136	AGT	2	6	4348	4353	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NT_187136	TAT	2	6	4354	4359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NT_187136	TTAA	2	8	4368	4375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NT_187136	TA	3	6	4475	4480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NT_187136	ATAA	2	8	4509	4516	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NT_187136	TAAT	2	8	4559	4566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NT_187136	TG	3	6	4586	4591	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NT_187136	GCA	2	6	4598	4603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NT_187136	ATA	2	6	4760	4765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NT_187136	GTA	2	6	4769	4774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NT_187136	ATA	2	6	4787	4792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NT_187136	AAT	2	6	4850	4855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NT_187136	GCT	2	6	4856	4861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NT_187136	TGC	2	6	4922	4927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NT_187136	TGGGAT	2	12	4928	4939	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NT_187136	AAG	2	6	4990	4995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NT_187136	CTG	3	9	5047	5055	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NT_187136	TGC	2	6	5081	5086	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NT_187136	TGC	3	9	5099	5107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NT_187136	GCA	2	6	5121	5126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NT_187136	TGT	2	6	5202	5207	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NT_187136	TA	3	6	5217	5222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NT_187136	AAC	2	6	5223	5228	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NT_187136	AGG	2	6	5266	5271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
152	NT_187136	CTG	2	6	5319	5324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NT_187136	TAC	2	6	5332	5337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
154	NT_187136	TTA	2	6	5369	5374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NT_187136	TAA	2	6	5400	5405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NT_187136	TAA	2	6	5510	5515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NT_187136	A	8	8	5518	5525	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NT_187136	T	6	6	5544	5549	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NT_187136	AAT	3	9	5631	5639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NT_187136	AGT	2	6	5753	5758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
161	NT_187136	T	7	7	5794	5800	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NT_187136	TGC	2	6	5824	5829	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NT_187136	TAA	2	6	5830	5835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NT_187136	ATG	2	6	5873	5878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NT_187136	AATC	2	8	5898	5905	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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182	NT_187136	AG	3	6	6692	6697	50 %	0 %	50 %	0 %	426202321
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234	NT_187136	AT	4	8	8655	8662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
235	NT_187136	A	7	7	8766	8772	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
236	NT_187136	TAA	2	6	8875	8880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
237	NT_187136	TTA	2	6	8901	8906	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.